Уплата транспортного налога зависит только от факта регистрации ТС.
Поэтому если за организацией числится транспортное средство, даже неработающее, но не снятое с государственного учета, она обязана уплачивать за него транспортный налог. Оснований для прекращения исчисления налога в отношении неиспользуемых автомобилей нет.